Der Frankfurter Chirurg und Augenarzt Dr. med. Jacob Emden wurde am 30. Juli 1796 in Frankfurt am Main geboren. Er war einer von sechs Söhnen des Feist Emden (Bankhaus Feist Emden und Sohn).

Jacob Emden und Johanna Halle heirateten am 17. Februar 1828.

Infolge der Schwierigkeiten jüdischer Ärzte, in nichtjüdischen Freimaurerlogen Aufnahme zu finden, organisierten sie sich in Frankfurt am Main in der Loge zur aufgehenden Morgenröthe. In dieser Vereinigung war Jacob Emden zwischen 1829 und 1855 mehrmals "Meister vom Stuhl".

Jacob Emden war von 1832 bis zu seinem Tod 1860 als Arzt am alten Frankfurter israelitischen Spital angestellt. Zuständig für innere Medizin, war er neben dem leitenden Arzt und Chirurgen Salomon Stiebel der zweite Hospitalarzt.

Seit 1835 bestand zwischen Jacob Emden und seinem Arztkollegen Salomon Stiebel - beide waren Chirurgen - ein Kompetenzstreit: Sollten internistische und chirurgische Fälle getrennt oder gemeinsam behandelt werden? 1857 schieden beide aus dem ärztlichen Dienst im alten Frankfurter israelitischen Spital aus: Salomon Stiebel wegen anderweitiger Verpflichtungen, Jacob Emden infolge eines Hirnschlags.

Von 1857 bis 1860 vertrat Max Gundersheim am alten israelitischen Spital die Arztstelle von Jacob Emden, der einen Gehirnschlag erlitten hatte. Nach Emdens Tod im Jahre 1860 wurde er als Hospitalarzt fest angestellt.

Jacob Emden starb am 13. April 1860 in Frankfurt am Main an den Folgen des drei Jahre zuvor erlittenen Hirnschlags.